Senyawa Flavonoid tanaman kunyit (curcumin) sebagai inhibitor protein spike sars cov-2 molecular docking dan virtual screening sebagai obat covid-19
Penambatan molekul (Molecular Docking) merupakan salah satu metode in silico berbasis struktur yang paling populer dan sukses, yang membantu memprediksi interaksi yang terjadi antara molekul dan target biologis.
Dikatakan bahwa Molecular docking merupakan salah satu metode in silico yang paling popular dan sukses. Apa kelemahan dari molecular docking?
BalasHapusKelemahan dari molekukar docking adalah pada pemberian nilai binding affinitynya ( energi ikatan antara ligan dan reseptor) hal ini disebabkan oleh interaksi molekul2 senyawa obat dan molekul protein reseptor yg biasanya sulit diprediksi akibat dari adanya perubahan susunan molekul yg tidak beraturan
BalasHapusSalah satu Tahapan molecular docking untuk kunyit yaitu penyiapan struktur ligan/inhibitor kurkumin pada kunyit. Bagaimana mempersiapkan struktur senyawa ligan kurkumin dan ar-tumeron?
BalasHapusSenyawa tanaman kunyit yg dijadikan ligan yaitu kurkumin dan ar-tumerone diperoleh melalui situs website yaitu pubchem , kemudian di download dengan format SDF 3D jadi, SDF ini berisi file data untuk atom2 dari ligan senyawa kurkumin dan ar-tumerone . Selanjutnya dibuka aplikasi open babel untuk mengubah format SDF menjadi PDB ( protein data bank) yaitu data yg berisi struktur 3D dari ligan yg berukuran lebih besar
HapusPemberian skor dengan melihat nilai binding infinity. bagaimana binding affinity obat remdesivir / obat antivirus ?
BalasHapusBerdasarkan jurnal yg saya dapatkan hasil molecular docking dari ligan remdeseivir / obat antivirus terhadap reseptor covid-19 didapatkan binding affinitynya lebih negatif yaitu -7. 7 yg artinya hasil dockingnya lebih bagus daripada kurkumin dan ar-tumeron
Hapus